La pequeña capilla de la Porciúncula fue donde San Francisco fundó la Orden de los Frailes Menores en el 1209, confiándola a la protección de la Virgen Madre de Cristo, a quien le ha sido dedicada la iglesia.
Recibió de los Benedictinos la capilla para hacerla centro de su comunidad. Aquí vivió San Francisco con sus primeros hermanos. El 28 de marzo de 1211 Clara de Favarone de Offreduccio, recibió aquí el hábito religioso de manos de San Francisco, dando inicio a la Orden de las Damas Pobres (Clarisas).
En una noche de Julio del año 1216, un fraile oraba fervientemente en su pequeña cueva del bosque. Pedía a Dios la virtud de la humildad. Le llamaban hermano Francisco y, aunque tenía 34 años, ya era conocido y amado por miles de personas. Doce años mas tarde y solo 22 meses después de su muerte, la Santa Madre Iglesia lo proclamaría santo. En el silencio de la noche, imploraba a Dios todopoderoso que tuviese misericordia de los pobres pecadores, recordando las palabras del Señor: "a menos que hagan penitencia, todos perecerán". Pensaba en su propia juventud, solo doce años antes había sido inquieto, frívolo, ambicioso, mujeriego, y por último, soldado. Difícilmente le daba algún momento de su atención a Dios.
Primero Francisco tomó las palabras del Señor literalmente y con gozo reparó la capilla donde había recibido la visión del Señor. Después bajó al bosque en el valle de Asís y reparó la vieja capilla de Nuestra Señora de los Angeles, llamada Porciúncula (pequeña porción). Por su devoción a la Santísima Virgen y por su reverencia a los ángeles, tomó la porciúncula como lugar de vivienda. Los campesinos insistían que ellos muchas veces escuchaban ángeles cantando en la Porciúncula. Ahí fue donde los primeros hermanos se unieron a El, en la vida nueva de santa pobreza, trabajo manual, cuidando a los leprosos, mendigando y predicando el amor de Cristo. Siendo los benedictinos propietarios de aquel lugar, Francisco pagaba como renta anual una canasta de pescado.
